Die Therapie ist abhängig von der Lokalisation und Ausbreitung des Tumors. Analrandkarzinome haben insgesamt eine günstigere Prognose als die typischen Analkarzinome.
Kleine Analkarzinome (Plattenepithelkarzinome) ohne nachgewiesene Lymphknotenmetastasen und ohne Infiltration in die Tiefe des Analkanals (unterhalb der Linea dentata) können lokal in Sakralanästhesie entfernt werden und bedürfen bis auf einer engmaschigen Nachsorge keiner weiteren Therapie.
Bei größeren Analkarzinomen (Plattenepithelkarzinomen) mit tieferer Infiltration oder Ausbreitung oder Nachweis von Lymphknotenmetastasen wird eine kombinierte Radiochemotherapie durchgeführt.
Das Adenokarzinom des Analkanals wird behandelt wie ein tiefsitzendes Enddarmkarzinom. Die Therapie besteht dann aus Radiochemotherapie mit anschließender operativer Entfernung.